（一）案件范围
生态环境领域的行政公益诉讼案件，主要指对生态环境负有监管职责的行政机关对污染环境的事实违法行使职权或者不作为，致使国家利益或者社会公共利益受到侵害的案件。由于生态与环境在实务中无区分的必要，生态环境领域行政公益诉讼案件主要包括因自然因素和人为因素造成的污染环境案件类型。包括大气污染、水污染、土壤污染、固体废物污染等。
大气污染指排放超标的污染颗粒物、二氧化硫、氮氧化物、挥发性有机物、氨等大气污染物或温室气体等进入大气进而对人体健康、生物、气候等产生危害。
水污染指排放、倾倒未处理或未达标处理的废水、废物，污染地表水或地下水，如污染渠、江、河、海等地表径流，因这些地表径流流经不同的区域，会对灌溉、饮用、养殖等造成损害。其危害性表现在：损害饮用水安全；损害农业生产安全；破坏自然生态环境；损害文化休闲功能。
土壤污染指通过排放污染物，在土地上堆放废弃物或有毒有害物质等方式，造成土壤污染。
固体废物污染是指在生产建设、日常生活和其他活动中产生的污染环境的固态、半固态废弃物质的污染。固体废物分为工业固体废物、城市生活垃圾和危险废物三类。
（二）调查、审查的重点问题
办理生态环境领域行政公益诉讼案件，应当先查明生态环境遭受破坏的情形，再查询相关法律法规，明确对上述违法行为具有监督管理职责的行政机关，再调查收集行政机关违法行使职权或者不作为致使生态环境遭受侵害的证据。
调查、审查中应重点关注：
1．国家利益或社会公共利益受到侵害的事实，即环境遭受污染的过程、事实和程度。包括造成生态环境破坏的违法行为人的情况，建设项目或相关污染防治设施的具体情况，行政许可和审批情况，实施违法行为的具体手段和方式，污染物的种类、数量，造成污染和破坏的范围和程度，污染排放时间、排放方式、排放去向和排放频率，污染治理措施实施情况，林地、耕地、草地、湿地等生态系统自然状态以及野生动植物受到破坏或伤害的时间、方式和过程等。
调查方式是向环保部门、国土部门、林业部门等行政机关以及公安机关调取行政执法和刑事司法的案件卷宗材料，结合询问违法行为人及相关证人，从而确定案件事实。调查的主要材料包括：
（1）违法相对人身份证明材料，包括从公安机关调取的违法行为人个人的户籍信息，从工商部门调取工商登记注册信息、组织机构代码信息、法定代表人信息等内容；
（2）行政机关或司法机关对违法相对人及其他证人关于违法行为具体方式、过程及造成的损害后果的询问笔录；
（3）行政机关或司法机关对污染环境或生态破坏现场的勘查材料，包括勘查笔录、勘查报告等；
（4）证明污染物种类和浓度的检测报告；
（5）环保部门等行政机关的环保监测数据；
（6）环境影响评价报告及批复文件；
（7）环保设施竣工及验收相关材料；
（8）破坏生态环境或者造成大气、水、土壤污染的相关鉴定技术报告；
（9）项目立项、规划、环评、建设等审批材料；
（10）排污许可证、危险废物经营许可证以及其他限制性行业经营许可证及相关审批资料；
（11）排污费缴费单、银行汇款记录、发票等相关材料；
（12）建设项目合同、土地承包协议等书面协议或者合同；
（13）涉刑案件材料，主要包括案件移送手续、公安机关立案决定书、法院判决及相关证据材料等；
（14）办案人员前往现场拍摄的污水直排或者超标排放、大气污染、固体废弃物或者电子垃圾随处丢弃等能够证明生态环境遭到破坏的照片和录像资料；
（15）办案人员就生态环境领域的专业性问题咨询相关专家形成的意见。
2．负有法定监管职责的行政机关的职权范围、权限和法律依据。查明对某一环境违法行为具有监管职责的具体行政机关，该行政机关的主要职权范围、内容、对象、程序及使用情形，该行政机关在履行职责过程中经常适用的法律、法规、规章、内部规则、操作指南、流程指引及技术标准，该行政机关对某一违法行为进行查处的法律依据、程序流程、处罚条件、适用情形及处罚措施，不同行政机关存在职能或者权限交叉时各自的分工及职责。
调查方式是通过法律数据库查询生态环境领域的相关法律法规、部门规章及规范性文件，涉及内部规则、地方政府权限清单、内设机构及人员编制等内部文件的，可以前往行政机关、档案部门或者编制办等相关单位调取收集，结合询问行政机关工作人员及咨询专家意见，确定负有监管职责的明确的行政单位及其具体的岗位职责。
确定行政机关的职责权限时，应考虑是否有政府文件设置了相对集中行政许可权或者相对集中行政处罚权。经国务院批准或授权，省级政府可以决定一个行政机关行使有关行政机关的行政许可权或行政处罚权。在生态环境领域的行政公益诉讼案件中，如果涉及多项行政许可或行政处罚，因相对集中行政许可权或相对集中行政处罚权职能只能省、自治区、直辖市人民政府决定授权，因此要重点查找是否有省级政府文件设置或规定了相对集中行政许可或处罚权，如果有相关的政府文件，则应重点调查收集被指定集中行使行政许可或处罚权的行政机关的职权范围、权限和法律依据，原行政机关因不具有相应职权而不纳入检察机关的监督范围。如果没有政府文件设置集中许可或者处罚，则应对涉案的行政机关分别予以调查。
生态环境领域负有监督管理职责的行政机关主要是环保部门。根据《中华人民共和国环境保护法》、《中华人民共和国水污染防治法》、《中华人民共和国大气污染防治法》、《中华人民共和国固体废物污染环境防治法》等法律、法规规定，环保部门主要履行以下监管职责：
（1）环境影响评价审批。环境影响评价，是指对规划和建设项目实施后可能造成的环境影响进行分析、预测和评估，提出预防或者减轻不良环境影响的对策和措施，进行跟踪监测的方法与制度。依据《中华人民共和国环境影响评价法》的相关规定，环境影响评价的评价对象包括综合性规划、专项规划以及对环境有影响的建设项目。综合性规划、专项规划的环境影响评价文件由人民政府负责审批，而对环境有影响的建设项目，则由环境保护主管部门进行审批。
环境保护主管部门在对建设项目的环境影响评价进行审批时应根据不同的情况分别处理：建设项目可能造成重大环境影响的，应当编制环境影响报告书，对产生的环境影响进行全面评价；建设项目可能造成轻度环境影响的，应当编制环境影响报告表，对产生的环境影响进行分析或者专项评价；建设项目对环境影响很小、不需要进行环境影响评价的，应当填报环境影响登记表，报环境保护主管部门登记备案。
《中华人民共和国环境影响评价法》第三十一条规定，“建设单位未依法报批建设项目环境影响报告书、报告表，或者未依照本法第二十四条的规定重新报批或者报请重新审核环境影响报告书、报告表，擅自开工建设的，由县级以上环境保护行政主管部门责令停止建设，根据违法情节和危害后果，处建设项目总投资额百分之一以上百分之五以下的罚款，并可以责令恢复原状；对建设单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分。建设项目环境影响报告书、报告表未经批准或者未经原审批部门重新审核同意，建设单位擅自开工建设的，依照前款的规定处罚、处分。建设单位未依法备案建设项目环境影响登记表的，由县级以上环境保护行政主管部门责令备案，处五万元以下的罚款。”
（2）排污许可证审批。排污许可证制度是指凡是需要向环境排放各种污染物的单位或个人，都必须事先向环境保护部门办理申领排污许可证手续，经环境保护部门批准获得排污许可证后方能向环境排放污染物的制度。省、市、县级环境保护主管部门负责本行政区域内排污许可证的核发和监督管理。
有下列情形之一的排污单位，应当按照本办法的规定申领排污许可证：排放工业废气或排放国家规定的有毒有害大气污染物的排污单位；直接或间接向水体排放工业废水和医疗污水的排污单位；集中供热设施的运营单位；规模化畜禽养殖场；城镇或工业污水集中处理单位；垃圾集中处理处置单位或危险废物处理处置单位；其他按照规定应当取得排污许可证的排污单位。
应当取得而未取得排污许可证排放污染物的，由县级以上环境保护主管部门责令改正，并可处以罚款、限制生产、停产整顿等行政处罚。
（3）危险废物经营许可证审批。危险废物经营许可证制度是指在中华人民共和国境内从事危险废物收集、贮存、处置经营活动的单位，必须事先向有关审批单位申请办理危险废物经营许可证，经相关部门批准后方能经营的制度。危险废物经营许可证按照经营方式，分为危险废物收集、贮存、处置综合经营许可证和危险废物收集经营许可证。领取危险废物综合经营许可证的单位，可以从事各类别危险废物的收集、贮存、处置经营活动；领取危险废物收集经营许可证的单位，只能从事机动车维修活动中产生的废矿物油和居民日常生活中产生的废镉镍电池的危险废物收集经营活动。
国家对危险废物经营许可证实行分级审批颁发：医疗废物集中处置单位的危险废物经营许可证，由医疗废物集中处置设施所在地设区的市级人民政府环境保护主管部门审批颁发。危险废物收集经营许可证，由县级人民政府环境保护主管部门审批颁发。其他危险废物经营许可证，由省、自治区、直辖市人民政府环境保护主管部门审批颁发。
《中华人民共和国固体废物污染环境防治法》第七十七条规定：“无经营许可证或者不按照经营许可证规定从事收集、贮存、利用、处置危险废物经营活动的，由县级以上人民政府环境保护行政主管部门责令停止违法行为，没收违法所得，可以并处违法所得三倍以下的罚款。”
（4）监督检查权。该职权主要包括环保设施竣工验收及现场检查两项。环保设施竣工验收又称为“三同时”制度，《中华人民共和国环境保护法》第四十一条规定：“建设项目中防治污染的设施，应当与主体工程同时设计、同时施工、同时投产使用。防治污染的设施应当符合经批准的环境影响评价文件的要求，不得擅自拆除或者闲置。”根据法律规定，环保设施竣工由环境保护主管部门验收。
违反“三同时”制度应承担的法律责任，在《中华人民共和国水污染防治法》、《中华人民共和国大气污染防治法》、《中华人民共和国固体废物污染环境防治法》等多部法律法规中均有规定。如2017年7月16日修改的《建设项目环境保护管理条例》第二十三条规定，建设项目需要配套建设的环境保护设施未建成、未经验收或者验收不合格，建设项目即投入生产或使用，或者在环境保护设施中弄虚作假的，由县级以上环境保护行政主管部门责令限期改正，处20万元以上100万元以下的罚款；逾期不改正的，处100万元以上200万元以下的罚款；对直接负责的主管人员和其他责任人员，处5万元以上20万元以下的罚款；造成重大环境污染或者生态破坏的，责令停止生产或者使用，或者报经有批准权的人民政府批准，责令关闭。违反本条例规定，建设单位未依法向社会公开环境保护设施验收报告的，由县级以上环境保护行政主管部门责令公开，处5万元以上20万元以下罚款，并予以公告。2017年6月27日修改的《中华人民共和国水污染防治法》第八十三条规定，未依法取得排污许可证排放水污染物、超过水污染排放标准或者超过重点水污染物排放总量控制指标排放水污染物、利用渗井、渗坑、裂隙、溶洞、私设暗管，篡改、伪造监测数据，或者不正常使用水污染物处理设施等逃避监管的方式排放水污染物、未按照规定进行预处理，向污水集中处理设施排放不符合处理工艺要求的工业废水情形的，由县级以上人民政府环境保护主管部门责令改正或者责令限制生产、停业整治，并处十万元以上一百万元以下的罚款；情节严重的，报经有批准权的人民政府批准，责令停业、关闭。2016年11月7日修改的《中华人民共和国海洋环境保护法》第八十条规定，海岸工程建设项目未建成环境保护设施，或者环境保护设施未达到规定要求即投入生产、使用的，由环境保护行政主管部门责令停止生产或者使用，并处二万元以上十万元以下的罚款。《中华人民共和国环境保护法》第二十四条规定：“县级以上人民政府环境保护主管部门及其委托的环境监察机构和其他负有环境保护监督管理职责的部门，有权对排放污染物的企业事业单位和其他生产经营者进行现场检查。被检查者应当如实反映情况，提供必要的资料。实施现场检查的部门、机构及其工作人员应当为被检查者保守商业秘密。”
享有现场检查权力的主体主要包括环境保护主管部门、环境保护主管部门委托的环境监察机构和其他负有环境保护监督管理职责的部门。被检查对象为排放污染物的企业事业单位和其他生产经营者。根据《环境监察办法》第六条规定，现场检查主要包括：现场监督检查污染源的污染物排放情况、污染防治设施运行情况、环境保护行政许可执行情况、建设项目环境保护法律法规的执行情况；现场监督检查自然保护区、畜禽养殖污染防治等生态和农村环境保护法律法规执行情况。
现场检查权具有强制性，不需要被检查单位的同意，有一定的随机性，有关执法主体可以随时进行检查。根据《环境监察办法》和《环境行政处罚办法》的有关规定，从事现场执法工作的环境监察人员进行现场检查时，有权依法采取以下措施：进入有关场所进行勘察、采样、监测、拍照、录音、录像、制作笔录；查阅、复制生产记录、排污记录和其他有关材料；约见、询问有关人员，要求说明相关事项，提供相关材料。责令停止或者纠正违法行为；适用行政处罚简易程序，当场作出行政处罚决定；法律、法规、规章规定的其他措施。
（5）行政处罚权。依据《环境行政处罚办法》第十条的规定，环境行政处罚的种类有：警告；罚款；责令停产整顿；责令停产、停业、关闭；暂扣、吊销许可证或者其他具有许可性质的证件；没收违法所得、没收非法财物；行政拘留；法律、行政法规设定的其他行政处罚种类。
（6）行政强制权。行政强制权包括查封、扣押，加处罚款或滞纳金，代履行，申请法院强制执行等。
查封、扣押的实施主体。依据《中华人民共和国环境保护法》第二十五条的规定，查封、扣押的实施主体是县级以上人民政府环境保护主管部门和其他负有环境保护监督管理职责的部门。
查封、扣押的对象。《中华人民共和国行政强制法》第二十三条规定，查封、扣押限于涉案的场所、设施或者财物，不得查封、扣押与违法行为无关的场所、设施或者财物。因此，查封、扣押的对象只能是企业事业单位和其他生产经营者造成污染物排放的设施、设备。
查封扣押的适用情形。依据《环境保护主管部门实施查封、扣押办法》第四条的规定， 排污者有下列情形之一的，环境保护主管部门依法实施查封、扣押：第一，违法排放、倾倒或者处置含传染病病原体的废物、危险废物、含重金属污染物或者持久性有机污染物等有毒物质或者其他有害物质的；第二，在饮用水水源一级保护区、自然保护区核心区违反法律法规规定排放、倾倒、处置污染物的；第三，违反法律法规规定排放、倾倒化工、制药、石化、印染、电镀、造纸、制革等工业污泥的；第四，通过暗管、渗井、渗坑、灌注或者篡改、伪造监测数据，或者不正常运行防治污染设施等逃避监管的方式违反法律法规规定排放污染物的；第五，较大、重大和特别重大突发环境事件发生后，未按照要求执行停产、停排措施，继续违反法律法规规定排放污染物的；第六，法律、法规规定的其他造成或者可能造成严重污染的违法排污行为。其中，有第一项、第二项、第三项、第六项情形之一的，环境保护主管部门可以实施查封、扣押；已造成严重污染或者有第四项、第五项情形之一的，环境保护主管部门应当实施查封、扣押。
关于加处罚款或滞纳金，依据《中华人民共和国行政强制法》第四十五条、第四十六条之规定，环境保护主管部门依法作出金钱给付义务的行政决定后，如果当事人逾期不履行，则环境保护主管部门可以依法加处罚款或者滞纳金。如果实施加处罚款或者滞纳金超过三十日，经催告当事人仍不履行的，则环境保护主管部门可以申请人民法院强制执行。如果环境保护主管部门此前曾依法查封、扣押了当事人造成污染物排放的设施、设备，那么在当事人在法定期限内未申请行政复议或者提起行政诉讼，经催告仍不履行时，环境保护主管部门可以将查封、扣押的财物依法拍卖抵缴罚款。
关于代履行，《中华人民共和国行政强制法》第五十条规定，行政机关依法作出要求当事人履行排除妨碍、恢复原状等义务的行政决定，当事人逾期不履行，经催告仍不履行，其后果已经或者将危害交通安全、造成环境污染或者破坏自然资源的，行政机关可以代履行，或者委托没有利害关系的第三人代履行。环境保护主管部门可以代履行。例如，《中华人民共和国放射性物质防治法》第五十六条规定：“产生放射性固体废物的单位，不按照本法第四十五条的规定对其产生的放射性固体废物进行处置的，由审批该单位立项环境影响评价文件的环境保护行政主管部门责令停止违法行为，限期改正；逾期不改正的，指定有处置能力的单位代为处置，所需费用由产生放射性固体废物的单位承担，可以并处二十万元以下罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。”《中华人民共和国固体废物污染环境防治法》第五十五条规定：“产生危险废物的单位，必须按照国家有关规定处置危险废物，不得擅自倾倒、堆放；不处置的，由所在地县级以上地方人民政府环境保护行政主管部门责令限期改正；逾期不处置或者处置不符合国家有关规定的，由所在地县级以上地方人民政府环境保护行政主管部门指定单位按照国家有关规定代为处置，处置费用由产生危险废物的单位承担。”
（三）常见的法律、法规、规章等
1．法律：《中华人民共和国环境保护法》《中华人民共和国水污染防治法》《中华人民共和国大气污染防治法》《中华人民共和国固体废物污染环境防治法》《中华人民共和国海洋环境保护法》《中华人民共和国土地管理法》《中华人民共和国环境影响评价法》《中华人民共和国放射性污染防治法》《中华人民共和国环境噪音污染防治法》《中华人民共和国水土保持法》《中华人民共和国水法》《中华人民共和国行政处罚法》《中华人民共和国行政强制法》《中华人民共和国行政许可法》《中华人民共和国行政复议法》《中华人民共和国行政诉讼法》等。
2．行政法规：《城镇排水与污水处理条例》《排污费征收使用管理条例》《行政执法机关移送涉嫌犯罪案件的规定》《放射性物品运输安全管理条例》《危险废物经营许可证管理办法》《建设项目环境保护管理条例》等。
3．规章：《环境行政处罚办法》《环境监察办法》《环境保护主管部门实施按日连续处罚办法》《国土资源行政处罚办法》《污染源监测管理办法》《环境行政执法后督察办法》《环境行政复议办法》《环境监测管理办法》《排污许可证管理暂行规定》《环境保护主管部门实施查封、扣押办法》等。
4．行业标准或指引：《国家危险废物名录》《环境空气质量标准》《地表水环境质量标准》《地下水质量标准》《土壤环境质量标准》《声环境质量标准》《渔业水质标准》《土地基本术语》《土地利用现状分类》《污水综合排放标准》《城镇污水处理厂污染物排放标准》《纸浆造纸工业水污染物排放标准》《畜禽养殖业污染物排放标准》《环境损害鉴定评估推荐方法（第II版）》等。
